هدف: مالاریا یکی از مهمترین بیماریهای مناطق گرمسیری در جهان بشمار می آید که علاوه بر شیوع فراوان باعث مرگ و میر انسانها می گردد. تشخیص گونه های عامل این بیماری، مبتنی بر روشهای بالینی، پارازیتولوژیکی، بیوشیمیایی، سرولوژیکی و مولکولی است. هدف از مطالعه حاضر، مقایسه روش های تهیه گسترش خونی و مولکولی برای تشخیص گونه های پلاسمودیوم است.مواد و روش ها: از 46 نمونه خون مثبت مالاریایی، که با گسترش های نازک و ضخیم مشخص شده، DNA انگل، استخراج و قطعه ای از ژن 18S از RNA ریبوزومی با استفاده از آغازگرهای طراحی شده تکثیر گردید و با کمک از آنزیم های Hae III, Hinf I و Tsp45 I قطعه برش داده شد.نتایج: طبق نتایج بدست آمده، از 46 نمونه خون مثبت، با بررسی گسترش های نازک، 35 مورد پلاسمودیوم ویواکس و 11 مورد پلاسمودیوم فالسی پاروم تشخیص داده شد؛ در حالی که با روش مولکولی، 2 مورد از 11 مورد پلاسمودیوم فالسی پاروم، به عنوان پلاسمودیوم ویواکس و 3 مورد از 35 مورد پلاسمودیوم ویواکس به عنوان پلاسمودیوم فالسی پاروم، مشخص شد.نتیجه گیری: روش PCR-RFLP در مقایسه با گسترش خونی، روشی بسیار مناسب تر و حساس تر برای تفکیک گونه های پلاسمودیوم است.